自学考试考生自通过本科毕业论文的登记审核，即进入到毕业论文的写作程序当中来。在进行登记时，会告诉每个专业的考生，在规定的时间去指定的地点听论文的讲座。在讲座上，高校主管该专业论文的老师会和大家见面，并根据大家的选题方向，将考生分配到有关的教研室，然后由教研室具体指派导师。

论文答辩的程序基本由三项组成：首先考生简单地阐述论文的写作动机、内容梗概和基本的观点；然后答辩小组成员就考生论文内容进行提问；如果答辩小组认为必要，还会对涉及论文的专业范围内的其他问题加以提问。这些提问都需要考生认真加以回答，并会影响到考生的论文成绩。考生通过论文答辩后，其本科论文即告完成。如果顺利通过，考生就应该准备本科毕业了。